Matheus Nunes iniciou a sua formação ao serviço do Ericeirense, com apenas 13 anos, altura que chegou a Portugal vindo do Brasil, clube que representou até aos 19 anos. Na época 2017/2018, o médio chega ao Estoril Praia, onde rapidamente demonstrou o seu valor nos sub23, acabando por subir à equipa principal.

Com apenas 20 anos, o futebol do jovem prende a atenção de clubes do primeiro escalão de futebol português e na época de chegada ao Estoril Praia, o médio é transferido para o Sporting Clube de Portugal. Na época seguinte, Matheus Nunes afirmou-se nos Sub23 do clube de Alvalade, tendo participado ainda em 10 partidas pela equipa principal dos leões.